Prowadzenie księgowości to obowiązek każdej organizacji pozarządowej. Muszą ją prowadzić wszystkie fundacje i stowarzyszenia, w tym stowarzyszenia zwykłe. Podstawowe wytyczne w tym zakresie zawiera ustawa o rachunkowości. Prowadzenie organizacji pozarządowej wiąże się z przestrzeganiem wielu dodatkowych przepisów, odmiennych niż w przypadku podmiotów działających komercyjnie.